riftsh: (Default)
Add MemoryShare This Entry

Давно не писал про эпигенетику, а тут на прошлой неделе появилась интересная статья, дающая повод. Нематоды C. elegans - один из самых хорошо изученных модельных организмов. Они питаются бактериями. Некоторые бактерии для них безвредны, другие вызвают серьезные болезни. Поначалу эти опасные патогены (напр., синегнойная палочка, P. aeruginosa) кажутся нематодам более вкусными, чем нормальная здоровая еда, которую можно найти в кишечнике человека и других животных, и они ими охотно закусывают. Но после того как у них пару раз в результате сильно заболит живот, они соображают, что не нужно тянуть в рот всякую гадость, и переходят исключительно на полезные обезжиренные малосладкие органические кишечные палочки E. coli. А если увидят где синегнойные палочки, то немедленно переходят на другую сторону улицы. Пять лет назад выяснилось, что эту тяжелой ценой приобретенную информацию о вредности для здоровья синегнойной палочки, нематоды передают по наследству на как минимум два поколения, после чего она затухает. Т.е., дети и внуки нематод, поевших синегнойных палочек, их четко избегают, а правнуки уже могут позариться. (Между прочим, точно такая же история приключилась буквально на днях у нас в Чешских Будейовицах. Фрау Мюллер знала кое-что про коммунистов, и поэтому ее дети и внуки не хотели иметь с ними никакого дела, а вот правнуки позарились. Что еще раз подтверждает, что C. elegans - действительно очень хороший модельный организм). За пять лет с момента открытия межпоколенческая эпигенетическая наследственность (transgenerational epigenetic inheritance, TEI, не путать с DEI) выученной нематодами информации была подтверждена несколько раз, в том числе в этой свежей статье и сопутствующем редакционном комментарии:

Aalimah Akinosho, Joseph Alexander, Kyle Floyd, Andres Gabriel Vidal-Gadea (2025) Independent validation of transgenerational inheritance of learned pathogen avoidance in Caenorhabditis elegans. eLife 14:RP107034. https://elifesciences.org/articles/107034, https://doi.org/10.7554/eLife.107034.3

Lesley T MacNeil (2025) Transgenerational Epigenetic Inheritance: Twists and turns in the story of learned avoidance. eLife 14:e109427. https://elifesciences.org/articles/109427, https://doi.org/10.7554/eLife.109427

Специально для математиков, которым обычно это кажется необычным (а также для некоторых других отсталых ученых, прочно застрявших в ХХ веке): статья опубликована в журнале eLife, который практикует открытое рецензирование, т.е., отзывы рецензентов и ответы на них авторов напечатаны вместе со статьей.

Старые записи (и длинная дискуссия с уважаемой [livejournal.com profile] egovoru) про эпигенетику и эволюцию:
https://riftsh.livejournal.com/31452.html
https://riftsh.livejournal.com/98260.html
https://riftsh.livejournal.com/99255.html
https://riftsh.livejournal.com/120537.html
https://riftsh.livejournal.com/237828.html
https://egovoru.livejournal.com/88666.html?thread=3039066&style=mine#t3039066
There are 16 comments on this entry. (Reply.)
 
posted by [identity profile] lj-frank-bot.livejournal.com at 03:47am on 18/11/2025
Здравствуйте!
Система категоризации Живого Журнала посчитала, что вашу запись можно отнести к категориям: Дети (https://www.livejournal.com/category/deti/?utm_source=frank_comment), Здоровье (https://www.livejournal.com/category/zdorove/?utm_source=frank_comment), Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina/?utm_source=frank_comment), Наука (https://www.livejournal.com/category/nauka/?utm_source=frank_comment).
Если вы считаете, что система ошиблась — напишите об этом в ответе на этот комментарий. Ваша обратная связь поможет сделать систему точнее.
Фрэнк,
команда ЖЖ.
 
posted by [identity profile] burrru.livejournal.com at 09:28am on 18/11/2025

Хорошо написано!

 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 12:34pm on 18/11/2025
спасибо ;)
 
posted by [identity profile] newterraexterna.livejournal.com at 10:40am on 18/11/2025

Я часто говорю, что с природой бороться бесполезно.)) Во всех её проявлениях, увы.


 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 12:34pm on 18/11/2025
увы...
 
posted by [identity profile] egovoru.livejournal.com at 12:12pm on 18/11/2025
Хороший пример целесообразных эпигенетических изменений. А выяснили авторы, каков их механизм?
 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 12:43pm on 18/11/2025
Да, это опубликовали авторы оригинального открытия в прошлом году. В патогенных бактериях есть малая РНК, которая регулирует экспрессию нейронного гена C. elegans, отвечающего за привлекательность или непривлекательность еды.

A natural bacterial pathogen of C. elegans uses a small RNA to induce transgenerational inheritance of learned avoidance
 
posted by [identity profile] egovoru.livejournal.com at 01:45pm on 18/11/2025

Погодите, сам патоген программирует непоедание себя? Тогда какая же тут адаптивность??

 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 04:22pm on 18/11/2025

Cross-kingdom signaling довольно сложная штука. У псевдомонады есть короткая РНК (17 нуклеотидов), которая 100% идентична фрагменту нейронного гена у нематоды. Я не знаю, известно ли где там курица, и где яйцо. Т.е., это бактерия эволюционировала, чтобы сообщить что-то червяку, или червяк эволюционировал, чтобы научиться распознавать бактерию. Но в том, как это используется, есть и адаптивность, и маладаптивность.

 
posted by [identity profile] egovoru.livejournal.com at 10:19am on 19/11/2025

Хм, если дело просто в том, что РНК патогена работает как родная, то вряд ли это явление вообще нужно классифицировать как эпигенетическое. Это просто инфекция, которая длится несколько поколений.

 
posted by [identity profile] qui-vadis.livejournal.com at 06:56pm on 18/11/2025
>> отзывы рецензентов и ответы на них авторов напечатаны вместе со статьей.
Извиняюсь, по ссылке я не увидел ни отзывы ни ответы. Нужно на что-то нажать?
 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 07:48pm on 18/11/2025
Да, на главной странице статьи под заголовком закладки, в т.ч., "Peer review"

Вот прямая ссылка: https://elifesciences.org/articles/107034/peer-reviews#content
 
posted by [identity profile] qui-vadis.livejournal.com at 08:57pm on 18/11/2025
Эти рецензии немножо отличаются от математических :)
А выкладываются также резко отрицательные рецензии, и отвергнутые статьи? [вроде мы это обсуждали, я забыл]
 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 10:25pm on 18/11/2025
> Эти рецензии немножо отличаются от математических :)

Рецензии бывают очень разные. Не всегда, но короткие рецензии могут быть признаком хорошей, хорошо написанной статьи, в которой нечего критиковать.

> А выкладываются также резко отрицательные рецензии, и отвергнутые статьи? [вроде мы это обсуждали, я забыл]

В журналах с предварительным рецензированием (как eLife) — нет. Если статья не принята, то она не публикуется. Если журнал с ретроспективным рецензированием (как F1000 Research) — да. Там сначала стреляют, потом предупреждают рецензенты выставляют одну из трех финальных оценок: поддержка, поддержка с оговорками, отказ. Вот несколько статей с разными комбинациями этих рецензий/оценок.
https://f1000research.com/articles/6-1888
https://f1000research.com/articles/12-1089
https://f1000research.com/articles/8-964
https://f1000research.com/articles/7-1424
 
posted by [identity profile] qui-vadis.livejournal.com at 05:59pm on 19/11/2025

Спасибо. Впечатляет. Боюсь в математике так не сработает, кроме совсем одиозных случаев.

 
posted by [identity profile] riftsh.livejournal.com at 11:40pm on 19/11/2025
Все говорили, что не сработает. Надеюсь, что сработает везде и скоро. Нынешняя система поломана совсем.

January

SunMonTueWedThuFriSat
        1
 
2
 
3
 
4
 
5 6
 
7
 
8
 
9
 
10
 
11
 
12
 
13 14 15 16 17
 
18
 
19
 
20
 
21
 
22
 
23
 
24
 
25
 
26
 
27
 
28
 
29
 
30
 
31